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O Programa de Mestrado Profissional em Clima e Ambiente está estruturado em três linhas de pesquisas. A apresentação de uma proposta de projeto de pesquisa, inserido em uma das linhas do mestrado, é requisito obrigatório para a inscrição no programa.

• Linha 1 - Variabilidade climática e impactos ambientais: é orientada para a compreensão dos processos responsáveis pela variabilidade do clima e molda as estratégias aplicadas ao ambiente. 
• Linha 2 - Recursos Naturais, Gestão e Análises: A temática desta linha envolve desde diagnósticos, como estudos laboratoriais com análises físico-químicas e biológicas, ecotoxicológicas, até abordagens mais conceituais e qualitativas, como estudos de caso e análises críticas de problemas ambientais, lidando com a percepção e o comportamento humano relacionando os aspectos sinérgicos entre o clima e o ambiente.